1、属性不同
花椒：花椒属于芸香目芸香科下的花椒属植物，其果实呈圆形，绿豆大小，全株可做入药，可食用。
胡椒：胡椒属胡椒目，胡椒科、胡椒属木质攀援藤本，果实为圆形的浆果，可食部仅仅为浆果。
2、产地不同
胡椒：原产东南亚，中国台湾、福建、广东、广西及云南等省区均有栽培，印度尼西亚、印度、马来西亚、斯里兰卡以及巴西等是胡椒的主要出口国。
花椒：花椒适宜温暖湿润及土层深厚肥沃壤土、沙壤土，萌蘖性强，耐寒，耐旱，喜阳光，抗病能力强，产地北起东北南部，南至五岭北坡，东南至江苏、浙江沿海地带，西南至西藏东南部，台湾、海南及广东不产。
3、外形不同
花椒：花椒虽说全株可食用，但是常用的是其果实的外皮，生时为青色，一柄多籽，成熟后为红色，籽黑色。
胡椒：胡椒的食用部仅仅是其浆果，可食部为期浆果的种子，生时为青色，成熟后取其籽为乳白色。
4、成分不同
花椒：花椒的主要调味成分是其含有的挥发性的烯类物质，包括柠檬烯、香桧烯、月桂烯、紫苏烯等。
胡椒：胡椒的主要增香调味成分是其含有的植物碱和胺类成分，包括胡椒碱，胡椒酰胺，次胡椒酰胺，胡椒亭碱，胡椒油碱B，几内亚胡椒酰胺，假荜茇酰胺A等。
5、用途不同
花椒：花椒在调味品上合适任何食物，尤其是肉类和蔬菜类适量释放，香味浓郁。
胡椒：胡椒主要用在汤食的调味上，常见的鸡汤熟最佳搭配。