1、行政级别不同：自治州是中华人民共和国行政区划之一，行政区划级别与地级市、地区、盟相同，属地级行政区，由省、自治区管辖；而自治县是中国行政区划之一，行政区划级别与市辖区、县级市、县、特区相同，属县级行政区，通常由地级市、地区、自治州、直辖市管辖，也有少部分自治县由省直接管辖。
2、数量不同：中国共计30个自治州；而自治县却有117个。我国现有内蒙古自治区、广西壮族自治区、西藏自治区、宁夏回族自治区、新疆维吾尔自治区五个自治区；自治州下辖县、自治县和县级市，中国共计30个自治州；中国共计117个自治县。
3、立法审批机关不同。自治区的自治条例和单行条例，报全国人民代表大会常务委员会批准后生效，自治州、自治县的自治条例和单行条例，报省、自治区、直辖市的人民代表大会常务委员会批准后生效。
自治州，是中国行政区划之一，行政地位与地级市、地区、盟相同，属地级行政区，由省、自治区管辖，是中国在少数民族聚居地设立的地级民族自治地方。
自治县，是中国行政区划之一，行政地位与市辖区、县级市、县、旗、自治旗、特区、林区相同，属县级行政区，通常由直辖市、地级市、地区、自治州管辖或由省直接管辖，管辖乡级行政区，是中国在少数民族聚居地设立的县级民族自治地方。
自治州和自治县都属于自治制度的作用，具有很大的意义：我国的国家结构形式是单一制的，在单一制下，实行民族区域自治制度，这是新中国在政治制度上的一个创造。它正确地处理了我国各民族之间的关系，维护了国家统一和民族团结。