1、阿拉比卡种，即小粒种。原产地是衣索比亚的阿比西尼亚高原，初期主要用作药用。2、罗布斯塔种，即中粒种。是在非洲刚果发现的耐叶锈病品种，较阿拉比卡种有更强的抗病力。3、利比亚种，即大粒种。原产非洲的利比亚，常绿乔木。果实大，长圆形，种皮紧贴种仁，成熟时为朱红色。
全世界的咖啡豆中，阿拉比卡种的咖啡约占65%--80%，他绝佳的风味与香气，使他成为这些原生种中唯一能够直接、单独饮用的咖啡。但其对于干燥、霜害、病虫害等的抵抗力度低，特别是不耐咖啡最大的天敌——叶锈病，因而各生产国无不致力于改良品种。
罗布斯塔种的咖啡树是常绿小乔木树种，叶片较长，颜色亮绿，树最高可达10米，但树根却很浅，果实为扁圆形，成熟时为紫色，种皮较薄，紧贴种仁，不易分离，豆身扁圆，中间坑纹直，饮用味浓而香。其栽培面积仅次于阿拉比卡种。
利比亚种分布于利比里亚、马来西亚、印度、印尼。其饮用风味浓烈，咖啡碱含量中等，刺激性强，质量较差，栽培面积较小。