阿坝县的海拔高平均为3290米。阿坝县地势由西北向东南倾斜，西北年波也则山平均海拔4900米以上，境内最高峰5154米，终年积雪；北以鹅持下仍山为天然屏障；东南部查理乡境内有阿依拉山；北部和东部是广阔的高原浅丘草地；西部和中部为深丘状草地，逐渐向南部高山峡谷林区过渡；高度由海拔5141朱递减到2936米。
阿坝县境属高原寒温带半湿润季风气候，春秋相连，于雨季分明。年均降水量712毫米，湿季（5—10月）降水集中，占全年的89.6%。年平均气温3.3℃，日照充足，昼夜温差大，全年无绝对无霜期，相对无霜期33天。